Bùi Mậu Quân sinh ngày 26 tháng 6 năm 1960, quê quán tại xã Thanh Giang, huyện Thanh Miện, tỉnh Hải Dương.

Thân mẫu ông là bà Bùi Thị Tư. Bà sinh năm 1921 tại thôn An Lý, xã Hưng Thái, huyện Ninh Giang, tỉnh Hải Dương. Bà nguyên là Chủ tịch Công đoàn Bệnh viện Đa khoa tỉnh Hải Hưng, từng được Nhà nước Việt Nam tặng thưởng Huân chương Kháng chiến chống Pháp hạng Nhất, Huân chương Kháng chiến chống Mỹ hạng Nhất, Huy hiệu 70 năm tuổi Đảng Cộng sản Việt Nam. Bà mất ngày 27 tháng 12 năm 2018 tại Bệnh viện Bạch Mai, Hà Nội, hưởng thọ 98 tuổi.[4]

Bùi Mậu Quân có bằng tiến sĩ luật.

Ông là Phó Giáo sư, Tiến sĩ Luật, Đại học, Đại học Cảnh sát, Đại học Bách khoa Hà Nội.

Ông có bằng Cử nhân chính trị.